Na sua terceira edição, 'Flora Médica Brasiliense', publicada pela primeira vez em 1912 é obra que não perde a sua importância com o passar do tempo. Pelo contrário: o registro das 327 espécies contido neste livro tem sido de grande utilidade para quem continua pesquisando esse "inigualável laboratório" da natureza amazônica. Da Matta é modesto na apresentação que faz da obra, classificando-a como um "livrinho" que trata de várias plantas medicinais da Amazônia, em particular do Estado do Amazonas, embora mais adiante afirme que o estudo foi realizado sob a orientação e o critério de abalizados cientistas nacionais e estrangeiros, além de investigações e experiências feitas cuidadosamente por ele. "A natureza no Amazonas atrai e fascina.O êxtase é intérmino ao contemplar-se a majestade do grande oceano de água doce (...) e a luxúria da estonteante vegetação tropical", destaca na apresentação. Antes do registro propriamente dito, Da Matta oferece em seu livro um quadro sinóptico da grande divisão do reino vegetal.